Ο προμηθευτής εκτός Κύπρου συνήθως χρεώνει το ΦΠΑ της χώρας του, π.χ. αν απο Ελλάδα χρεώνει 24% ΦΠΑ.

ΠΟΛΥ ΣΗΜΑΝΤΙΚΟ για να γνωρίζουμε είναι ότι το ΦΠΑ εξωτερικού που πληρώθηκε δεν είναι σε καμιά περίπτωση επιστρεπτέο ή αφαιρετέο στη δήλωση ΦΠΑ. Το ΦΠΑ εξωτερικού που πληρώθηκε θεωρήται μέρος του εξόδου και προστίθεται στα κόστη εργασίας.

Οι περιπτώσεις που ο προμηθευτής εκτός Κύπρου μπορεί να τιμολογήσει χωρίς ΦΠΑ της χώρας του είναι οι εξής:

1. Όταν ο προμηθευτής είναι απο χώρα της ΕΕ και ο αγοραστής στην Κύπρο έχει αριθμό ΦΠΑ. Σε αυτά τα τιμολόγια πρέπει να αναγράφεται ο αριθμός ΦΠΑ του αγοραστή στην Κύπρο (πρέπει να υπάρξει προ-συνεννόηση μεταξύ αγοραστή-προμηθευτή).
2. ‘Οταν ο προμηθευτής είναι απο χώρα εκτός της ΕΕ, το είδος που τιμολογήται είναι μόνο υπηρεσία (όχι προιόντα) και ο αγοραστής στην Κύπρο μπορεί να αποδείξει ότι έχει επιχειρηματική δραστηριότητα που πραγματοποιεί πωλήσεις εντός Κύπρου. (Πάλι πρέπει να υπάρξει προ-συνεννόηση μεταξύ αγοραστή-προμηθευτή.)

Οι συναλλαγές/αγορές χωρίς ΦΠΑ δηλώνονται στην τριμηναία υποβολή ΦΠΑ με τον μηχανισμό αντιστροφής της επιβάρυνσης ΦΠΑ (reverse charging mechanism) και διαχωρίζοντας σε αγαθά ή υπηρεσίες. 

Σημείωση: Υπάρχουν σπάνιες περιπτώσεις αγοράς προιόντων εκτός ΕΕ όπου παρότι πληρώθηκε ήδη το ΦΠΑ της χώρας του προμηθευτή, το τελωνείο στην Κύπρο επιβάλλει επιπλέον κυπριακό ΦΠΑ.

Η υπηρεσία Logistaras δημιουργεί αυτόματα την ορθή δήλωση ΦΠΑ που πρέπει να υποβληθεί, βάση των επιλογών όταν καταχωρήται η συναλλαγή: αν εκτός ή εντός ΕΕ, αν αγαθά ή υπηρεσίες, κλπ.